Secara geografis, posisi UPT Puskesmas Kunir terletak pada 8°13’10.7” Lintang Selatan dan 113°13’28,9” Bujur Timur. UPT Puskesmas Kunir termasuk dalam wilayah Kecamatan Kunir dengan luas wilayah kerja 5.018 km² meliputi 11 desa. UPT Puskesmas Kunir berada di Jalan Panglima Besar Sudirman No. 68 Kunir. Adapun batas-batas wilayah kerja UPT Puskesmas Kunir adalah sebagai berikut :

• Sebelah Utara : Kecamatan Tekung
• Sebelah Timur : Kecamatan Yosowilangun
• Sebelah Selatan Samudera Indonesia
• Sebelah Barat Kecamatan Tempeh